Gaussian
Gaussian to program do modelowania różnych układów cząsteczkowych oraz do obliczeń dotyczących budowy, struktury i własności molekuł z wykorzystaniem mechaniki kwantowej.
Gaussian w klastrze obliczeniowym Blueocean
-
Aktualnie zainstalowane wersje :
-
Gaussian 09 Revision D.01
-
Gaussian 09 Revision A.02
-
-
Dokumentacja oprogramowania http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
-
Przydatne programy użytkowe http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm
Postać kontenera dla wersji D.01
#!/bin/bash cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"` f=g09.$1.$cTIME echo "#!/bin/bash" > $f echo "#$ -cwd" >> $f echo "#$ -M twoj_login@p.lodz.pl" >> $f echo "#$ -m e" >> $f echo "#$ -q short" >> $f echo "export g09root=/opt/gaussian_d01" >> $f echo "source $g09root/g09/bsd/g09.profile" >> $f echo "export GAUSS_SCRDIR=/opt/SCRATCH/GAUSSIAN" >> $f echo "g09 $PWD/$1" >> $f qsub -S /bin/bash $f
Postać kontenera dla wersji A.02:
#!/bin/bash cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"` f=g09.$1.$cTIME echo "#!/bin/bash" > $f echo "#$ -cwd" >> $f echo "#$ -M twoj_login@p.lodz.pl" >> $f echo "#$ -m e" >> $f echo "#$ -q short" >> $f echo "export g09root=/opt/gaussian" >> $f echo "source $g09root/g09/bsd/g09.profile" >> $f echo "export GAUSS_SCRDIR=/opt/SCRATCH/GAUSSIAN" >> $f echo "g09 $PWD/$1" >> $f qsub -S /bin/bash $f
Znane problemy w wersji Gausian 09 D.01:
Narzędzie formchk
W przypadku pojawienia się błędu:
Out-of-memory error
Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to
complete this step.
Należy do konfiguracji zmiennych środowiskowych użytkownika dodać poniższy wpis:
export GAUSS_MEMDEF=48000000
gdzie 48000000 jest deklaracją pamięci 48MB (tutaj należy podać ilość potrzebną do wykonania obliczeń)