Jesteś tutaj

Gaussian

Gaussian to program do modelowania różnych układów cząsteczkowych oraz do obliczeń dotyczących budowy, struktury i własności molekuł z wykorzystaniem mechaniki kwantowej.

Gaussian w klastrze obliczeniowym Blueocean

Aktualnie zainstalowane wersje :
- Gaussian 09 Revision D.01
- Gaussian 09 Revision A.02
Dokumentacja oprogramowania http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Przydatne programy użytkowe http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_utils.htm

Postać kontenera dla wersji D.01

#!/bin/bash
cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"`
f=g09.$1.$cTIME
echo "#!/bin/bash" > $f
echo "#$ -cwd" >> $f
echo "#$ -M twoj_login@p.lodz.pl" >> $f
echo "#$ -m e" >> $f
echo "#$ -q short" >> $f
echo "export g09root=/opt/gaussian_d01" >> $f
echo "source $g09root/g09/bsd/g09.profile" >> $f
echo "export GAUSS_SCRDIR=/opt/SCRATCH/GAUSSIAN" >> $f
echo "g09 $PWD/$1" >> $f
qsub -S /bin/bash $f

Postać kontenera dla wersji A.02:

#!/bin/bash
cTIME=`date +"%Y%m%d%H%M%S"`
f=g09.$1.$cTIME
echo "#!/bin/bash" > $f
echo "#$ -cwd" >> $f
echo "#$ -M twoj_login@p.lodz.pl" >> $f
echo "#$ -m e" >> $f
echo "#$ -q short" >> $f
echo "export g09root=/opt/gaussian" >> $f
echo "source $g09root/g09/bsd/g09.profile" >> $f
echo "export GAUSS_SCRDIR=/opt/SCRATCH/GAUSSIAN" >> $f
echo "g09 $PWD/$1" >> $f
qsub -S /bin/bash $f

Znane problemy w wersji Gausian 09 D.01:

Narzędzie formchk

W przypadku pojawienia się błędu:

Out-of-memory error

Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to
complete this step.

Należy do konfiguracji zmiennych środowiskowych użytkownika dodać poniższy wpis:

export GAUSS_MEMDEF=48000000

gdzie 48000000 jest deklaracją pamięci 48MB (tutaj należy podać ilość potrzebną do wykonania obliczeń)